TaxRef Collector - Documentation

Pourquoi ?

Cet outil permet de récupérer les identifiants du référentiel taxonomique français TaxRef à partir d’informations d’espèce.

Comment ?

Seulement 3 informations sont nécéssaires :

1. Choisir une couche contenant des données d’espèce

2. Choisir le mode de recherche

3. Renseigner les champs contenant les infromations d’espèce

4. Résoudre les conflits en cas de correspondances multiples

Interface utilisateur

1. Choisir une couche contenant des données d’espèce

A l’aide du menu déroulant vous pouvez sélectionner une couche déjà présente dans votre projet QGIS. Ce doit être une couche vectorielle. Il est possible de ne lancer la requête uniquement sur des entités sélectionnés en cochant la case prévue à cet effet.

Pour l’instant il n’y a pas de limite sur le nombre de données en entrée. A noter que l’opération peut prendre un certain temps si il existe un grand nombre de données.

2. Choisir le mode de recherche

Pour l’instant 3 modes de recherches :

• via l’API du MNHN (non fonctionnelle depuis le piratage) en utilisant le nom de l’observation. On peut ajouter le rang pour plus de précision.

• via l’API de WikiData en renseignant l’identifiant du GBIF ou l’identifiant d’iNaturaliste pour récupérer la correspondance TaxRef pour une espèce.

• via l’API du GBIF en utilisant le nom scientifique de l’espèce pour récupérer la correspondance TaxRef pour une espèce. (Cette correspondance n’est pas toujours mise en place)

3. Renseigner les champs contenant les infromations d’espèce

API WikiData

Seul un champ est nécéssaire et obligatoire, il doit contenir un identifiant du GBIF ou un identifiant iNaturalist pour chaque entité selon la méthode sélectionnée. Chaque identifiant sera testé sur l’API du GBIF. Si un résultat est trouvé, alors on cherchera la correspondance avec le TaxRef.

API GBIF

Seul un champ est nécéssaire et obligatoire, il doit contenir le nom scientifique de l’espèce pour chaque entité. Chaque entité sera testé sur l’API du GBIF. Si un résultat est trouvé, alors on cherchera la correspondance avec le TaxRef.

API MNHN

Le champ nom est obligatoire, il est conseillé d’utiliser le nom sans le nom de l’auteur et la date qui peuvent diverger selon les sources. On peut également ajouter le rang, celui-ci doit être sous un de ces formats :

english	Abreviation	Français
domain	Dumm	Domaine
superkingdom	SPRG	Super-Règne
kingdom	KD	Règne
subkingdom	SSRG	Sous-Règne
infrakingdom	IFRG	Infra-Règne
phylum	PH	Phylum
subphylum	SBPH	Sous-Phylum
infraphylum	IFPH	Infra-Phylum
division	DIV	Division
subdivision	SDIV	Sous-Division
superclass	SPCL	Super-Classe
cladus	CLAD	Clade
class	CL	Classe
subclass	SBCL	Sous-Classe
infraclass	IFCL	Infra-Classe
parvclass	PVCL	Parv-Classe
legio	LEG	Legio
superorder	SPOR	Super-Ordre
cohort	COH	Cohorte
order	OR	Ordre
suborder	SBOR	Sous-Ordre
infraorder	IFOR	Infra-Ordre
parvorder	PVOR	Parv-Ordre
section	SC	Section
?	SCO	?
subsection	SBSC	Sous-Section
subsection	SSCO	Sous-Section
superfamily	SPFM	Super-Famille
family	FM	Famille
subfamily	SBFM	Sous-Famille
supertribe	SPTR	Super-Tribu
tribe	TR	Tribu
subtribe	SSTR	Sous-Tribu
genus	GN	Genre
subgenus	SSGN	Sous-Genre
section	SC	Section
subsection	SBSC	Sous-Section
series	SER	Série
subseries	SSER	Sous-Série
agregate	AGES	Agrégat
species	ES	Espèce
semispecies	SMES	Semi-Espèce
microspecies	MES	Micro-Espèce
subspecies	SSES	Sous-Espèce
natio	NAT	Natio
variety	VAR	Variété
subvariety	SVAR	Sous-Variété
form	FO	Forme
subform	SSFO	Sous-Forme
formaspecies	FOES	Forma species
linea	LIN	Linea
clone	CLO	Clône
race	RACE	Race
cultivar	CAR	Cultivar
morpha	MO	Morpha
abberation	AB	Abberatio

4. Résoudre les conflits en cas de correspondances multiples

Il est possible que plusieurs taxons soient proposés pour un identifiant GBIF, un identifiant iNaturalist ou même un nom d’espèce. Si c’est le cas, une fenêtre de dialogue apparaîtra pour que l’utilisateur puisse sélectionner la correspondance manuellement parmis les taxons proposés.